Die Toilette in einem Flugzeug funktioniert ganz anders als eine normale Toilette. Jede Toilettenschüssel hat zwei Ventile. Ein Wasserventil und das Spülventil. Das Wasserventil liefert Wasser aus dem Trinkwassertank zum Spülen des Toilettenabfalls und das Spülventil lässt den Abfall ab. Wenn die Spültaste in der Toilette gedrückt wird, öffnet die Spülsteuereinheit sowohl das Wasser- als auch das Spülventil, sodass Wasser aus der Toilettenschüssel in einen Abwassertank gespült werden kann.

Bodennah wird der Spüldruck durch einen Vakuumerzeuger bereitgestellt. Dieser Generator wird elektrisch betrieben und ist über eine Rohrleitung mit dem Abfalltank verbunden. Immer wenn die Spültaste gedrückt wird, schaltet sich der Vakuumgenerator ein und erzeugt ein Vakuum im Fäkalientank, wodurch der Fäkalieninhalt aus den Toiletten in den Tank fallen kann. In der Luft und ab einer bestimmten Höhe reicht der Druckunterschied zwischen der Kabine und der Atmosphäre aus, um die Fäkalien aus der Toilettenschüssel in den Fäkalientank zu ziehen. Der Vakuumerzeuger ist somit nicht mehr erforderlich.

In einigen älteren und kleineren Flugzeugen ist die Toilette vom Umlufttyp. Bei diesem Toilettensystemtyp ist kein Fäkalientank vorhanden. Stattdessen wird ein Vorratstank mit einer Spüllösung verwendet. Diese Spülflüssigkeit enthält Desinfektionsmittel, die dem Wasser eine blaue Farbe verleihen. Im Fäkalientank befinden sich eine Pumpe und ein Filter. Der Service einer Umlufttoilette ist ähnlich wie bei einer Vakuumtoilette. Der einzige Unterschied besteht darin, dass der Fäkalientank nach dem Entleeren mit neuer Spülflüssigkeit aufgefüllt oder nachgefüllt werden muss, da er diese Flüssigkeit für die Spülaufgabe benötigt.

Manchmal können diese Arten von Toiletten undicht sein. Dies tritt hauptsächlich aufgrund von unsachgemäßer Toilettenwartung oder Komponentenausfällen auf. Während des Fluges kann jegliches Abwasser aus dem Toilettensystem gefrieren, wodurch eine Linie aus gefrorener Spülflüssigkeit auf dem Flugzeugrumpf zurückbleiben kann. Die gefrorene Lösung kann sogar vom Flugzeug herunterfallen. Als ob die Toilette mit blauem Desinfektionsmittel gewartet wird, kann das gebildete Eis blau sein. Dies wird manchmal als blaues Eis bezeichnet.